Tarefa 6
Esta tarefa visa identificar marcadores genéticos diretamente associados à variação fenotípica de resistência aos parasitas. A identificação dos marcadores genéticos ao nível dos 600 000 SNPs do OvineHD BeadChip array irá basear-se em métodos descritos, utilizando ferramentas de análise de associação do genoma completo. As características de resistência aos parasitas serão analisadas utilizando o modelo misto de análise GEMMA (Genome-wide Efficient Mixed Model Analysis for Association Studies). Para corrigir a estratificação da população, será realizada uma análise de variância, onde o sexo, época de parto, parto simples ou múltiplo e a idade das mães serão ajustados como efeitos fixos e a idade como covariável linear.
A análise pós-GWAS irá centrar-se na pesquisa de genes próximos dos SNPs significativos. Como a maioria dos estudos de resistência aos nemátodes de ovinos utilizou marcadores de microssatélites, as posições dos respetivos pares de bases serão analisadas para comparação com as posições encontradas por Illumina OvineHD Beadchip. Além disso, o genoma de Bos taurus será pesquisado para homologias e genes nas regiões flanqueadoras dos SNPs de interesse. Com esta informação, iremos analisar potenciais vias biológicos para cada gene.
Instituições envolvidas e membros da equipa nesta tarefa:
INIAV
Resultados esperados:
- Identificação de marcadores significativos de SNP correlacionados com características de resistência fenotípica
- Identificação de genes candidatos
- Identificação de vias biológicas envolvidas na resistência
- Identificação dos tipos de tecidos envolvidos na expressão de genes candidatos