Xylella fastidiosa Wells et al., (1987), é uma bactéria classificada como organismo de quarentena, estando incluída na Lista A1 da Organização Europeia para a Proteção de Culturas (EPPO) desde 1981. É uma bactéria restrita ao xilema, disseminada por insetos picadores sugadores de xilema, e tem uma ampla gama de hospedeiros (mais de 300 espécies), muitos de grande importância económica para o nosso país, como as oliveiras, citrinos, videira, fruteiras, bem como numerosas espécies ornamentais. Esta espécie bacteriana apresenta uma marcada diversidade genotípica e fenotípica, sendo reconhecidas 4 subespécies pelo International Society of Plant Pathology Committee on the Taxonomy of Plant Pathogenic Bacteria (ISPP-CTPPB): 

• Xylella fastidiosa subsp. fastidiosa que infeta maioritariamente a vinha, o cafeeiro, amendoeira, citrinos, sendo esta subespécie a mais bem estudada (EFSA, 2013); 

• Xylella fastidiosa subsp. pauca, que causa a Clorose Variegada dos Citrinos, amplamente disseminada no Brasil, infeta igualmente o cafeeiro (Helvecio & Sousa, 2014). Foi uma variante desta subespécie – a CoDIRO - que provocou os diversos surtos em oliveira, em Itália, tendo sido um hospedeiro não considerado até 2013. Esta variante infetou outras espécies, nomeadamente o loendro, amendoeiras e outras (Saponari & Boscia, 2014; Cariddi et al., 2014). 

• Xylella fastidiosa subsp. sandyi, afeta o loendro (Nerium oleander), cujos isolados não estão ainda bem caracterizados (Nunney et al., 2010). 

• Xylella fastidiosa subsp. multiplex, que até agora, tem a gama mais ampla de hospedeiros em termos de espécies de plantas expressando os sintomas da doença, como a amendoeira, pessegueiro, ameixeira, carvalhos, frutos vermelhos, etc, (Nunney et al., 2013), tendo sido uma variante desta subespécie que foi identificada em França, numa planta ornamental, a Polygala myrtifolia.

Foi proposta a subspécie tashke (Randall et al., 2009), cujo único hospedeiro é a Chitalpa tashkentensis. No entanto, por até hoje não ter sido identificado mais nenhum genótipo semelhante, não lhe foi atribuída uma subespécie reconhecida (Janse et al., 2010), apesar de constar das listas oficiais das plantas hospedeiras de Xylella fastidiosa. Mais recentemente foi proposta a X. fastidiosa subsp. morus (Nunney et al., 2014 a,b) que infecta a amoreira.