João Paulo Carneiro é licenciado em Engenharia Agronómica, mestre em Produção Vegetal, doutor em Engenharia Agronómica, tendo-lhe sido ministrada a formação correspondente e obtido estes graus académicos no Instituto Superior de Agronomia da Universidade de Lisboa.
Foi de 1985 a 1988 na Universidade de Évora-Departamento de Geociências assistente estagiário de Solos e Fertilidade das Licenciaturas em Engenharia Agrícola, Engenharia Zootécnica, Arquitetura Paisagista e Engenharia Biofísica. Em 1988 ingressou nos quadros do Instituto Nacional de Investigação Agrária (INIA), atualmente com a componente Veterinária (INIAV), na Estação de Melhoramento de Plantas, tendo-se dedicado às pastagens e forragens; o seu tema de trabalho é o estudo de germoplasma com vista à seleção, a multiplicação com o cuidado da manutenção varietal e, em condições mediterrânicas, a agronomia das pastagens de longa duração e também das forragens. É investigador auxiliar do INIAV e responsável pelo programa de melhoramento de pratenses e forrageiras autogâmicas. É membro da “European Cooperative Programm for Plant Genetic Resouces” (ECPGR). Pelo INIAV, é membro das equipas, de diversos projetos de investigação nacionais e internacionais. É autor e coautor de várias publicações técnico-científicas em revistas nacionais e internacionais; foi Secretário da Direção da Sociedade Portuguesa de Pastagens e Forragens desde 1988 a 1994; tem feito arbitragem de artigos científicos e técnicos na “Revista das Ciências Agrárias”, na revista “Melhoramento” e na revista “Pastagens e Forragens”.