Os principais objetivos estabelecidos são:

1. Investigar a colonização intestinal de bovinos, suínos e aves por estirpes de Escherichia coli e Salmonella spp. resistentes aos antibióticos de importância crítica (CIA) através da caracterização dos respetivos perfis de suscetibilidade aos antibióticos;

2. Caracterizar os mecanismos de resistência e o seu enquadramento no contexto genético;

3. Identificar a diversidade de elementos genéticos móveis envolvidos na disseminação dos determinantes de resistência aos antibióticos detetados;

4. Revelar a ligação genética entre os determinantes de resistência aos antibióticos e os determinantes da virulência, avaliando assim o impacto que a pressão seletiva exercida pelos antibióticos pode exercer sobre a virulência bacteriana;

5. Promover e alargar a consciencialização de todos os intervenientes no processo (produtores, veterinários, inspetores, consumidores) sobre a disseminação da resistência aos antibióticos através da cadeia alimentar.