O INIAV tem por missão a concretização da política científica e a realização de investigação de suporte a políticas públicas, na defesa dos interesses nacionais e na prossecução e aprofundamento de políticas comuns da União Europeia.

Suporte técnico e científico à Tutela através de pareceres, criação de grupos de trabalho, elaboração e análise crítica de documentos.

O INIAV detém os Laboratórios Nacionais de Referência para as doenças dos animais, para a segurança alimentar e para as doenças e pragas das plantas.

Os investigadores e técnicos superiores destes Laboratórios Nacionais de Referência têm grande know-how nas áreas da saúde animal e vegetal assim como da segurança alimentar, assessorando o governo e as Autoridades Nacionais nestas áreas sempre que necessário.

O INIAV assume um papel central no domínio da promoção e da conservação dos recursos genéticos nacionais nas áreas animal e vegetal, através da criação e manutenção de coleções vivas e de bancos nacionais de Germoplasma, tendo à sua guarda:

- o Banco Português de Germoplasma Animal (com a DGAV), localizado em Santarém, assegura a recolha e manutenção de Germoplasma – nomeadamente sémen, embriões, células somáticas e DNA – de todas as raças nacionais de animais domésticos

- o Banco Português de Germoplasma Vegetal (BPGV), localizado em Braga, acolhe coleções representativas de germoplasma dos mais importantes recursos agrícolas de Portugal Continental e Ilhas

- coleções nacionais de referência: videiras (coleção ampelográfica nacional - CAN), oliveiras, fruteiras.

O INIAV apoia os operadores das diversas fileiras com que se relaciona, nomeadamente, através do aconselhamento tecnico-científico nos setores da produção agro-florestal, animal e das agroindústrias e outros serviços de várias naturezas a empresas e associações de agricultores e de criadores.

Análises de alimentos, análise de terras e recomendações de fertilização, testes de paternidade, análises de águas, apoio ao diagnóstico veterinário, etc.