A produção de leite de ovelha no Alentejo tem vindo a sofrer profundas alterações. A maioria dos queijos de ovelha DOP do Alentejo, nomeadamente os queijos de Serpa, Nisa, Tolosa e Évora, são fabricados com leite de ovelhas das raças Assaf e Lacaune. Estas ovelhas, caracterizadas por elevados níveis produtivos, são criadas em sistemas de produção semi-intensivos a intensivos, com base em concentrados, que aumentam muito os custos alimentares das explorações.

Muitas vezes, as ovelhas Assaf alcançam valores de produção de leite de mais de 3,5 L/dia no pico de lactação (Gootwine e Pollott, 2002), exigindo intensa mobilização das suas reservas corporais, o que pode ser parcialmente mitigado pelo consumo de níveis elevados de alimentos concentrados, uma vez que a ingestão de alimentos fibrosos ou erva, mesmo que consistindo principalmente de folhas, apenas suporta as necessidades produtivas de cerca de 2 L de leite por dia (INRA, 2007). Estas condições de produção que poderiam levar a um severo esgotamento das reservas corporais implicam alterações metabólicas e fisiológicas nas ovelhas, causando problemas de saúde e atrasos no ciclo reprodutivo seguinte. Para ovelhas leiteiras de alta produção é desejável uma ovelha que apresente elevada persistência de produção de leite, permitindo uma conversão máxima do alimento em leite durante todo o ano.

Pretende-se uma ovelha que atinja uma produção elevada no pico da lactação, mas não tão elevada que precise de ser fortemente complementada nesse período, e que continue a ter níveis de produção elevados ao longo da lactação. Os criadores têm assim todo o interesse em disporem de uma metodologia que permita identificar precocemente (à nascença) os animais geneticamente mais adaptados. Isto significa discriminar os animais com os genótipos com maior probabilidade de, por um lado favorecerem a manutenção das células secretoras mamárias durante mais tempo e com uma elevada taxa de secreção de leite; e por outro, mais favoráveis à manutenção dum estado metabólico e hormonal que favoreça um encaminhamento dos nutrientes para a glândula mamária por mais tempo durante a lactação. Assim, a seleção de animais com base em marcadores moleculares do eixo somatotrófico oferece um enorme potencial para melhorar a produtividade das ovelhas de leite, com implicações diretas sobre a composição do leite, as suas características tecnológicas e o rendimento queijeiro, mas também sobre o desempenho reprodutivo e sanitário dos animais, e os resultados económicos da exploração ao eliminar os custos com a recria de borregas de menor valor genético e com a redução dos custos alimentares dos referidos efetivos durante as suas fases produtivas.