José M. B. Santos-Silva licenciou-se em Engenharia Agronómica na Universidade Técnica de Lisboa em 1983 e completou o doutoramento em Ciências Agronómicas na mesma universidade em 1997.

Desde 1983, desenvolveu uma carreira como investigador na Estação Zootécnica Nacional (Santarém) do Instituto Nacional de Investigação Agrária, em que o foco principal foi a produção e qualidade de carne de pequenos ruminantes.

Foi responsável por vários projetos financiados por fundos nacionais e participante noutros financiados pelos programas nacionais e internacionais. Mais recentemente, a investigação foi focada no metabolismo lipídico de ruminantes, com o objetivo de encontrar vias nutricionais para promover a qualidade dos produtos em termos da sua composição de ácidos gordos. O objetivo é aumentar o teor de ácidos gordos bioativos com efeito positivo sobre a saúde humana. Sobre este tema a equipa tem vários artigos publicados em revistas científicas internacionais.

Entre 2002 e 2010 exerceu funções na coordenação da Estação Zootécnica Nacional. Outras atividades estão relacionadas ao ensino nas universidades portuguesas, revisão de artigos científicos e organização de congressos ou reuniões para a disseminação do conhecimento.